L'influence grandissante de Jean-Baptiste Colbert marque l'arrêt progressif de l'ascension de Fouquet, qui est dénoncé par Colbert pour malversations.
Destitué et arrêté sur l'ordre de Louis XIV en 1661, il est condamné au terme d'un procès-fleuve de trois ans à la confiscation de ses biens, et au bannissement hors du royaume. Sa peine est aggravée par le roi en un emprisonnement à vie en la forteresse de Pignerol, où il meurt le 23 mars 1680.
