Le professeur Aronnax, son domestique Conseil et le harponneur Ned Land, qui cherchaient à capturer un fantastique monstre marin, se retrouvent prisonniers du capitaine Némo, à bord de son sous-marin le Nautilus.
Quel lourd secret cache Némo pour vouloir les retenir ainsi à jamais ? C’est alors que parallèlement au fabuleux périple maritime qu’ils entament, s’engage une lutte psychologique et culturelle entre Aronnax et Némo.